Carlos Fernandes a devenit cunoscut în perioada petrecută în poarta celor de la FCSB în primul rând prin gafele monumentale făcute în anumite meciuri, unele chiar foarte importante, dar în egală măsură a fost jucător de bază pentru echipa roș-albastră în parcursul din primăvara anului 2006, când formația antrenată la acea vreme de Cosmin Olăroiu a ajuns până în semifinalele Cupei UEFA, dar și în toamna acelui an, când clubul patronat de Gigi Becali a ajuns în faza grupelor din UEFA Champions League.
Ulterior însă, în ianuarie 2007, fostul goalkeeper portughez